在科学的世界被称为超能力，在宗教的世界则被称为魔术。这是一部混合了看起来不相容的现实与非现实的世界观的作品。一边是有着夸张技术的机械学园都 市，又是充斥着圣书和炼金术的宗教世界，作者将这宛如水与油的两个世界观同时加入到了作品中，成为了一部另类的SF作品。
故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在 二百三十万人口中，有八成人都是学生们，所以被称为学园都市。他们每天都在头脑开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为六级，从无能力到超能力。故事 的主人公上条当麻是学园里唯一的一个零能力者。但并非完全没有能力，而是他是能力是能够将一切能力的效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的 这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀”。而正因为他的不被神加护的大吃大喝手，导致自己常常过着不幸的人生。
某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位从天而降的全白装束的修女，这位少女自称自己 的名字叫“禁书目录”，并是从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔术师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙世界，开始了守护少女的战斗……掌握了数万究 极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年，会为大家演绎出什么样的故事来呢？
